В септиках очистка стоков происходит с помощью анаэробных бактерий (бактерии, размножающиеся без доступа атмосферного кислорода). Во всех септиках обязательным является биофильтр. Биофильтр представляет собой неорганическую засыпку или съемные лотки, на которых будет размножаться активная масса, состоящая из различных видов бактерий. Степень очистки в таких сооружениях не превышает 75%. Положительным фактором является малая стоимость септиков, но перед покупкой нужно просчитать монтаж септика и дренажа, что зачастую превышает стоимость самого септика. Не стоит забывать также о том, что ни один септик не монтируется при высоком уровне грунтовых вод.
Септики дают очень низкую степень очистки, требуя доочистку в грунте. Единственным плюсом является то, что они работают автономно и не нуждаются в электропитании.

В установках глубокой биологической очистки процессы окисления протекают при помощи аэробных бактерий, которые живут и размножаются в кислородной среде. Попадая в благоприятные для них условия, начинают интенсивно размножаться. Образуются большие колонии аэробов, питанием для которых служат органические вещества и кислород. Основными продуктами жизнедеятельности аэробных бактерий являются азот, вода и стабилизированный активный ил. Также такие установки могут иметь смешанные виды очистки, т.е. чередовать аэробные и анаэробные процессы.
Достойной альтернативой анаэробному процессу служит аэробный. Во-первых, аэробных видов бактерий в природе намного больше, они содержатся в воздухе, в питьевой воде, пище, в самом человеке и, как следствие, в стоках. Во вторых, они не выделяют газы, вызывающие неприятные запахи. Положительными факторами установок глубокой очистки, в основе которых лежит аэротенк, являются высокая степень очистки, компактность, отсутствие неприятных запахов, универсальность.